尽管众议院与参议院否决了对该机构 40% 的预算削减提案，但在最大的一批资助对象中，约半数机构的年度资助金额仍出现下降。
此前，因唐纳德・特朗普总统与国会议员就一项临时支出法案是否应延长将于 12 月 31 日到期的奥巴马医改税收抵免条款存在分歧，美国联邦政府陷入了长达 43 天的停摆。而在此次停摆发生前，美国参众两院原本已即将就国立卫生研究院（NIH）2025 财年的预算框架达成一致，该财年自 10 月 1 日起正式启动。
特朗普在当年 5 月率先抛出支出提案，其提交的 2026 财年预算草案计划将国立卫生研究院的资助经费削减近 40%（精确为 39.3%），从 2025 财年核定的 483.01 亿美元降至 292.95 亿美元。这一提案其实并不出人意料，早在 2017 年其首个总统任期内，特朗普就曾提议在 2018 财年削减国立卫生研究院 22% 的预算，但最终国会不仅未采纳该方案，反而批准为其增加 9% 的经费。
与 2017 年的情况如出一辙，同年夏季，参众两院的拨款委员会均明确表示，不会支持特朗普提出的大幅削减支出计划。7 月，参议院拨款委员会通过决议，决定为国立卫生研究院增加 4 亿美元经费，资助总额升至 487.01 亿美元，增幅近 1%（精确为 0.8%），并直言特朗普的提案 “具有灾难性影响”；而众议院拨款委员会则在 9 月表决通过了一项 478.45 亿美元的机构预算方案。
两院拨款委员会的上述举措，成功化解了特朗普酝酿的这场 “预算削减危机”。而在此之前，国立卫生研究院已于 2025 年遭遇一轮大幅经费削减：机构裁员 1200 人，占员工总数的 6%；同时，自当年 2 月起，研究项目资助经费中的间接成本占比被限制在 15% 以内。
这项间接成本上限政策在同年 8 月得到美国最高法院的支持，但实际上，该政策等同于变相削减经费 —— 因为大多数研究机构通常会从资助经费中提取 25%—30% 的比例，用于支付所谓的 “设施与行政管理成本”。该政策的影响范围远超依赖国立卫生研究院资助开展研究的高校与科研机构，多家知名生物科技工具公司的股价因此出现两位数跌幅。
以下是基因工程新闻网（GEN）评选出的 2025 财年 NIH 资金资助 TOP 50 机构榜单
上榜机构涵盖大学、医学院、科研机构及教学医院，排名依据为其在 9 月 30 日结束的 2025 财年所获 NIH 资助经费总额。
鉴于联邦政府 NIH 经费资助政策引发的争议，GEN 今年扩充了这份榜单的内容，除 2025 财年资助金额外，还新增了各机构2024 财年的 NIH 资助金额及两个财年的经费变化百分比。本榜单排名不纳入资助项目数量这一指标。
在 2025 财年 NIH 资助 TOP 50 机构中，有 26 家机构的年度资助总额同比下降。其中多数机构的降幅为个位数，3 家机构的降幅超过 10%，达到两位数水平（分别为华盛顿大学、纽约大学医学院以及阿拉巴马大学伯明翰分校）。其余 24 家机构的资助金额实现增长，其中 8 家机构的增幅达两位数。
本年度，共有 26 个州的机构跻身 TOP 50 榜单，这一数据与 GEN 于 2024 年 9 月发布的上一期 NIH 资助榜单持平。加利福尼亚州以 7 家上榜机构位居全美第一；纽约州以 6 家机构紧随其后，较上一年减少 1 家；马萨诸塞州有 5 家机构上榜，较 2024 年增加 1 家。
得克萨斯州是本年度 NIH 资助增长最快的州，该州有 4 家机构入选榜单，合计获得研究经费8.35796481 亿美元；而在 2024 财年，该州仅有 2 家机构上榜，资助总额为6.26057881 亿美元。去年，得克萨斯大学 MD 安德森癌症中心差一点便能跻身 TOP 50 榜单，而得克萨斯大学休斯顿健康科学中心当时仅位列第 62 名。
除得克萨斯州外，有 6 个州各有 2 家机构获得 NIH 资助并上榜（分别为伊利诺伊州、马里兰州、明尼苏达州、北卡罗来纳州、宾夕法尼亚州以及华盛顿州），其余 16 个州均仅有 1 家机构进入本次发布的 TOP 50 榜单。=
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2. 加州大学旧金山分校（UCSF）
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3. 圣路易斯华盛顿大学（Washington University in St. Louis）
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4. 密歇根大学（University of Michigan）
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5. 宾夕法尼亚大学（University of Pennsylvania）
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6. 耶鲁大学（Yale University）
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7. 匹兹堡大学（University of Pittsburgh）
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8. 麻省总医院（Massachusetts General Hospital）
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9. 斯坦福大学（Stanford University）
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10. 哥伦比亚大学健康科学部（Columbia University Health Sciences）
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11. 杜克大学（Duke University）
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12. 加州大学圣地亚哥分校（University of California, San Diego）
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13. 华盛顿大学（University of Washington）
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14. 加州大学洛杉矶分校（UCLA）
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15. 北卡罗来纳大学教堂山分校（UNC Chapel Hill）
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16. 埃默里大学（Emory University）
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17. 西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）
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18. 范德堡大学医学中心（Vanderbilt University Medical Center）
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19. 纽约大学医学院（New York University School of Medicine）
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20. 布莱根妇女医院（Brigham and Women’s Hospital）
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21. Northwestern University at Chicago —— 芝加哥西北大学
22. University of Wisconsin-Madison —— 威斯康星大学麦迪逊分校
23. University of Minnesota —— 明尼苏达大学
24. University of Southern California —— 南加州大学
25. University of Colorado Denver —— 科罗拉多大学丹佛分校
26. Fred Hutchinson Cancer Center —— 弗雷德・哈钦森癌症中心
27. The University of Texas Southwestern Medical Center —— 得克萨斯大学西南医学中心
28. Weill Medical College of Cornell University —— 康奈尔大学威尔医学院
29. Oregon Health & Science University —— 俄勒冈健康与科学大学
30. Baylor College of Medicine —— 贝勒医学院
31. University of Alabama at Birmingham —— 阿拉巴马大学伯明翰分校
32. University of California at Davis —— 加利福尼亚大学戴维斯分校
33. The Ohio State University —— 俄亥俄州立大学
34. Mayo Clinic (Rochester, MN) —— 梅奥诊所（明尼苏达州 罗切斯特）
35. University of Florida —— 佛罗里达大学
36. University of Chicago —— 芝加哥大学
37. University of Utah —— 犹他大学
38. Indianapolis University Indianapolis —— 印第安纳波利斯大学
39. Boston Children’s Hospital —— 波士顿儿童医院
40. Sloan Kettering Institute —— 斯隆・凯特琳研究所
41. University of California, Irvine —— 加利福尼亚大学欧文分校
42. University of Virginia —— 弗吉尼亚大学
43. University of Texas MD Anderson Cancer Center —— 得克萨斯大学 MD 安德森癌症中心
44. Rutgers Biomedical and Health Sciences —— 罗格斯大学生物医学与健康科学部
45. The University of Maryland, Baltimore —— 马里兰大学巴尔的摩分校
46. University of Massachusetts (UMass) Chan Medical School —— 马萨诸塞大学陈曾熙医学院
47. Albert Einstein College of Medicine —— 阿尔伯特・爱因斯坦医学院
48. The University of Texas Health Science Center at Houston —— 得克萨斯大学休斯顿健康科学中心
49. University of Arizona —— 亚利桑那大学
50. Boston University Medical Campus (BUMC) —— 波士顿大学医学院校区
